考古研究所三个传统研究室之一。1978年以来先后由安志敏、谢端琚、杨虎、吴耀利任主任。2004年列为院重点学科。现有人员16名，其中研究员6人、副研究员4人，4人有博士学位、4人有硕士学位。

　　研究领域是探索中国新石器时代文化的渊源（农业、畜牧业和手工业的起源），文化的类型、分期、分布及社会经济形态和社会结构；同时探讨中国文明的起源及与中国史前史有关的学术问题。现下设10个田野工作队。

河南队　1979年成立。主要学术任务是发掘和研究中原地区史前文化，特别是中原文明的起源。发掘了新郑裴李岗、沙窝里，巩县铁生沟，郏县水泉，临汝中山寨、李楼，灵宝北阳平、西坡、偃师灰嘴等重要遗址。还与澳大利亚拉楚比大学合作进行伊洛河流域的考古调查。目前在灵宝西坡遗址发现的大型半地穴式建筑、环壕，以及有二层台、随葬玉器的仰韶文化晚期墓葬，对研究当时社会的分化具有重要价值。

新砦队　2003年成立。主要学术任务是发掘和研究王湾三期文化向二里头文化过渡的新砦期文化，探索夏文化，揭示中原文明的形成。主要发掘河南新密新砦遗址。目前已在新砦遗址发现新砦期的大型建筑遗迹、有三重环壕的壕沟和城址，对探讨中原文明的起源提供了重要资料。

山东队　1958年成立。主要学术任务是发掘和研究山东地区史前文化和早期青铜文化。发掘了临沂凤凰岭、平度东岳石村、胶县三里河、潍县姚官庄、曲阜西夏侯、兖州王因、临朐西朱封、滕县北辛与前掌大、聊城教场铺等重要遗址。新近发现的教场铺龙山文化城址，对研究山东地区文明的起源有重要意义。

安徽队 1989年成立。主要学术任务是发掘和研究安徽地区史前文化。发掘了宿县小山口、蒙城尉迟寺遗址。发现了较完整的有环壕和排房的大汶口文化晚期聚落，为研究聚落形态的变化提供了重要资料。

甘青队　前身是黄河水库考古队甘肃分队，成立于1958年。主要学术任务是发掘和研究黄河上游史前文化。发掘了甘肃永靖张家嘴、马家湾、姬家川，临夏大何庄、秦魏家，天水师赵村、西山坪，武山傅家门，青海乐都柳湾，民和喇家等重要遗址。新近在青海民和喇家发现的齐家文化房址，以及洪水和地震遗迹等，对研究官亭盆地的环境演变和社会变化都具有重要意义。

湖北队　前身是长江流域规划办公室文物考古队直属队，成立于1958年。主要学术任务是发掘和研究长江流域史前文化。发掘了均县朱家台，郧县青龙泉、大寺，枝江关庙山，黄梅陆墩、塞墩，枣阳雕龙碑等重要遗址。在雕龙碑遗址发现的大型多间建筑及其文化遗存，为研究聚落形态的演变和南北文化的关系提供了重要资料。

陕西队　1982年成立。主要学术任务是发掘和研究陕西地区新石器时代早、中期文化遗存。发掘了临潼白家、蓝田泄湖、宜川龙王辿等重要遗址。白家遗址的发掘为陕西地区前仰韶文化研究提供了一批典型遗存。目前在龙王辿遗址的发掘，发现了从旧石器时代向新石器时代过渡的遗存，具有重要的学术价值。

华南一队　1996年组建。主要学术任务是发掘和研究广西及临近地区史前文化。发掘了邕宁顶蛳山、南宁豹子头、临桂大岩、桂林甑皮岩、柳州鲤鱼嘴等重要遗址。为建立广西史前文化序列，探索华南新石器早期文化以及从旧石器时代向新石器时代过渡，提供了一批有价值的重要资料。

三峡队　1994年组建。主要学术任务是配合三峡工程，发掘和研究巫山县古文化遗存。发掘了巫山县城、大溪、欧家老屋、魏家梁子、琵琶洲、双堰塘、大昌等重要遗址。对研究三峡地区古文化的分布、类型、年代序列，以及巴文化的渊源等问题，具有重要意义。

东北队　2006年成立。主要学术任务是发掘和研究辽东半岛史前文化及其与周边地区的关系。目前发掘大连长山岛小珠山遗址的工作，取得了重要收获。

　　研究室近期的学术课题是探索早期新石器时代文化，解决从旧石器时代向新石器时代的过渡问题；探索中国新石器时代文化的区系类型及其相互关系；远期课题是中国史前史和文明起源研究。