考古研究所现有史前考古研究室、夏商周考古研究室、汉唐考古研究室、边疆民族与宗教考古研究室、世界考古研究室、石窟寺考古研究室、考古学理论研究室、人类起源与演化研究中心、考古大数据资料中心、考古编辑室(考古杂志社)、考古科技与实验研究中心、文化遗产保护研究中心、办公室、人事处(党委办公室)、科研处、考古工作站管理处等内设机构。

　　史前考古研究室是考古研究所三个传统研究部门之一。其前身是1953年成立的新石器时代研究组，由尹达任组长。1978年称为第一研究室，首任室主任为安志敏，1996年改称为原始社会研究室，2003年改称为史前考古研究室。2004年，“史前考古学”被列为院重点学科。研究领域是探索中国旧新石器时代过渡、农业起源、中国新石器时代文化起源与发展、类型、谱系、分布及社会经济形态和社会结构发展与演变，同时探讨中华文明起源及与中国史前史有关的学术问题。

　　夏商周考古研究室是考古研究所三个传统研究部门之一，其前身是1953年成立的商周研究组，由郭宝钧任组长，1978年正式成立第二研究室，首任室主任为张长寿。20世纪90年代更名为夏商周考古研究室。2003年，“夏商周考古”被列为院重点学科。长期负责陶寺、二里头、偃师商城、殷墟、丰镐、周原、琉璃河等三代都城性质遗址的考古发掘与研究，同时开展太行山两麓、东南吴越地区、泾渭河中上游地区等考古工作，承担了文明与国家起源和早期发展、夏商周考古学文化、三代都城与社会等重大研究课题。

　　汉唐考古研究室是考古研究所三个传统研究部门之一，其前身为1953年成立的汉唐研究组，由苏秉琦任组长。1978年正式成立第三研究室，首任主任为苏秉琦。1998年改称为汉唐考古研究室。以汉唐研究室为依托，2003年，“中国汉唐都城考古学”被列为院重点学科。“汉唐考古”自2023年开始作为优势学科被列入院学科建设“登峰战略”资助计划。主要围绕中国古代都城制度、统一多民族国家的形成和发展等重大课题，以秦汉至明清时期的都城及地方城址考古为重心，同时开展陵墓以及宗教、手工业、中外文化交流等遗存的考古调查、发掘与研究。

　　边疆民族与宗教考古研究室成立于2001年，是以1999年成立的边疆考古研究中心为基础，吸收相关考古队伍组建而成。主要从事边疆民族地区的考古研究工作，通过对古代各民族在边疆地区活动的遗存，揭示不同民族的历史文化面貌，了解中原与边疆地区古代文化的交流与互动，探讨各民族地区文化融入中华文明的进程，以及中央政权对边疆地区的经营治理与有效管辖，以考古成果实证中华民族共同体意识和中华文明多元一体格局的形成与发展历程。

　　世界考古研究室成立于2019年，原称外国考古研究室，2022年改称为世界考古研究室，主要负责在境外开展中外联合考古。目前已在中亚、中美洲、埃及、罗马尼亚和印度河流域开展相关工作。工作目标是了解域外文明，推动世界文明比较互鉴研究，促进文化交流，讲好中国历史文化故事，传播好中国文化声音，扩大中国考古在国际的学术影响力，在国际学术界建立中国话语体系，争取话语权。

　　石窟寺考古研究室成立于2022年，前身为边疆民族与宗教考古研究室佛教考古项目组，主要负责开展全国范围内的地面佛教寺院与石窟寺遗址的考古调查、发掘与研究工作，引领佛教考古的研究理念与技术方法，承担全国石窟寺考古学科发展规划，推动以中华文化传承和东西文明交流互鉴为核心的综合研究和理论探索，建立完善中国石窟寺考古学研究体系。

　　考古学理论研究室成立于2023年，是目前国内唯一从事考古学理论研究的科研部门。主要负责以习近平新时代中国特色社会主义思想为理论指导，围绕建设中国特色、中国风格、中国气派的考古学学科体系、学术体系、话语体系开展考古学理论研究工作，旨在推动中国考古学理论研究，加强田野与理论、考古学与各学科融合，倡导文明互鉴。

　　人类起源与演化中心成立于2022年，负责围绕人类起源与演化这一重大研究课题，立足中国丰富古人类化石和旧石器时期文化遗存开展研究，追溯中国及东亚人类的起源与演化，探讨东亚古人群的体质进化、文化发展、生存方式、环境适应、资源利用等学术问题。结合古生物学、遗传学等多学科开展综合研究，探索人类的起源和演化历程。深入分析人类演化过程中的生物、环境和社会因素，揭示人类演化的规律和机制。中心的目标是多学科融合，结合人类学、遗传学、地质学、生态学等，共同推动人类起源与演化研究。

　　考古大数据资料中心成立于2022年，前身是考古资料信息中心。建所之初称图书资料组，20世纪50年代后期建立文物标本室，1978年改称图书资料室，首任主任为王世民。1995年12月在原图书资料室基础上成立考古资料信息中心。主要负责考古研究所信息化建设，田野考古数据保存和管理，考古资料数据化和数据库建设等工作。同时还负责“中国考古网”网站和微信公众号、微博账户的运营与管理工作。　　

　　考古编辑室(考古杂志社)是中国社会科学院考古研究所的编辑出版部门。1955年成立考古编辑室，1997年以考古编辑室为基础成立考古杂志社，主要承担《考古》月刊、《考古学报》季刊、《考古学集刊》、《中国考古学年鉴》和CHINESE ARCHAEOLOGY的编辑、出版工作。《考古》和《考古学报》连续多年获评“中国最具国际影响力学术期刊”,并列入CSSCI来源期刊目录。自2002年起，连续承办“中国社会科学院考古学论坛”,对促进中国考古学学科建设和考古学期刊建设发挥了积极作用。

　　考古科技与实验研究中心成立于1995年，致力于将自然科学先进技术与考古学研究相结合进行跨学科融合。其前身是1965年成立的全国首个碳十四实验室。中心先后被中国社会科学院列为院重点扶持学科、重点学科、优势学科和一类重点资助重点实验室，2010年设立国家文物局动植物考古重点科研基地，现为中宣部哲学社会科学试点建设国家重点实验室。中心研究门类齐全、研究方法多样、实验设备全面、科研标本丰富、数据资源宏大、研究实力雄厚、人才储备充足，始终处于学科引领的前沿地位，在国内外广有盛誉。

　　文化遗产保护研究中心成立于2007年，由2006年考古研究所成立的大遗址保护中心和20世纪50年代考古研究所成立的“老技术室”下设的“修复组”合并组建。考古所具有相应的文物保护工程勘察设计甲级资质与可移动文物修复一级资质。中心自成立以来，致力于考古遗产保护利用、可移动出土文物抢救性保护、实验室精细化发掘与信息提取、出土文物保护修复等领域的科研与实践，强调哲学社会科学、自然科学与工程技术的多学科融合。研究领域广泛，尤其在纺织考古、实验室考古、文保科技、大遗址保护利用、遗产基础理论研究等方面特色鲜明。

　　考古研究所主办有誉满学界的《考古学报》《考古》《考古学集刊》和我国目前唯一的英文考古期刊CHINESE ARCHAEOLOGY；代管中国考古学会，每年出版《中国考古学年鉴》，定期参与举办中国考古学大会、“世界考古论坛·上海”等重要国际学术活动。2024年9月，成立中国社会科学院科技考古与文化遗产保护重点实验室。

　　近年来，在党中央、国务院的亲切关怀下，考古研究所办所治所能力和田野一线条件得到大幅加强。未来，还将加强海洋考古、出土文献整理与研究、公共考古等方面的研究和机构建设，不断加强中华文明阐释和研究工作。